«上一篇/Previous Article|本期目录/Table of Contents|下一篇/Next Article»

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第48卷

期数:

2020年第05期

页码:

50-56

栏目:

生物技术

出版日期:

2020-04-02

文章信息/Info

Title:

Genetic structure analysis of three Sarcocheilichthys sinensis populations based on mitochondrial DNA markers

作者:

朱传坤¹;  潘正军¹;  常国亮¹;  吴楠¹;  王辉¹;  丁怀宇¹;  强晓刚²;  余祥胜²

1.淮阴师范学院生命科学学院/江苏省特色水产繁育工程实验室/江苏省区域现代农业与环境保护协同创新中心，江苏淮安 223300；
2.江苏省淮安市水产技术指导站，江苏淮安 223001

Author(s):

Zhu Chuankun; et al

关键词:

华鳈; 线粒体DNA; Cytb; D-loop; 遗传多样性; 遗传分化

Keywords:

-

分类号:

S917.4

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

华鳈(Sarcocheilichthys sinensis)是一种兼具食用和观赏价值的小型鲤科鱼类。采用Cytb和D-loop 2个线粒体DNA序列对洪泽湖、千岛湖和西湖3个群体的45尾华鳈样本进行了遗传变异与遗传结构分析。结果显示，在长度为404 bp的Cytb序列中，共检测出变异位点22个(5.4%)，定义了10种单倍型；在998 bp的D-loop序列中，变异位点有40个(4.0%)，构成了7种单倍型。2个标记在华鳈群体中的平均单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为0.840±0.033、0.012±0.002、4.759±1.660(Cytb)和0.755±0.036、0.006±0.002、6.430±2.241(D-loop)，表现了较高的遗传多态性。遗传多样性大小顺序为洪泽湖>西湖>千岛湖，3个群体间基因交流较少，表现出极大的遗传分化，此外，分子变异分析结果表明华鳈变异的主要来源为群体内变异。本研究结果将为了解我国东部地区华鳈的遗传多样性现状提供基础资料，同时为华鳈种质资源保护与合理利用提供参考。

Abstract:

-

参考文献/References:

［1］张春霖. 中国系统鲤类志［M］. 北京：高等教育出版社，1959：73-74.
［2］伍献文. 中国鲤科鱼类志(下册)［M］. 上海：上海科学技术出版社，1982：470-471.
［3］李绍明，梁志强，伍远安，等. 华鳈肌肉营养成分分析及评价［J］. 安徽农业科学，2011，39(31)：19233-19235.
［4］宣云峰，王荣泉，徐海华，等. 华鳈人工繁殖试验［J］. 水产养殖，2010，31(11)：35-37.
［5］郭健，邓其祥，许明，等. 西河华鳈的年龄和生长研究［J］. 四川师范学院学报(自然科学版)，1995，16(4)：343-346.
［6］林明利，张堂林，叶少文，等. 洪泽湖鱼类资源现状、历史变动和渔业管理策略［J］. 水生生物学报，2013，37(6)：1118-1127.
［7］施振宁. 华鳈的驯养与亲本培育试验［J］. 江西水产科技，2015(2)：21-23.
［8］宣云峰，王荣泉，徐海华，等. 华鳈驯化养殖试验初探［J］. 科学养鱼，2010(12)：32.
［9］宋天祥，马骏. 华鳈的繁殖生物学［J］. 动物学研究，1994，15(增刊1)：96-102，199.
［10］宋天祥，马骏. 华鳈人工繁殖和早期发育的研究［J］. 湖泊科学，1996，8(3)：260-267.
［11］Zhou Z，Zhang H，Wang G，et al. Complete mitochondrial genome of Chinese lake gudgeon Sarcocheilichthys sinensis (Cypriniformes：Cyprinidae)［J］. Mitochondrial DNA，2015，26(1)：141-142.
［12］Li C，He L，Chen C，et al. Sequencing，description and phylogenetic analysis of the mitochondrial genome of Sarcocheilichthys sinensis sinensis (Cypriniformes：Cyprinidae)［J］. Mitochondrial DNA，2016，27(2)：1056-1057.
［13］Yang S，Wei M，Wan Q，et al. The complete mitochondrial genome sequence of Sarcocheilichthys sinensis sinensis (Cypriniformes：Cyprinidae)［J］. Mitochondrial DNA，2014，25(4)：286-287.
［14］Xiao W，Zhang Y，Liu H. Molecular systematics of Xenocyprinae (Teleostei：cyprinidae)：taxonomy，biogeography，and coevolution of a special group restricted in East Asia［J］. Molecular Phylogenetics and Evolution，2001，18(2)：163-173.
［15］Liu H Z，Tzeng C S，Teng H Y. Sequence variations in the mitochondrial DNA control region and their implications for the phylogeny of the Cypriniformes［J］. Canadian Journal of Zoology-Revue Canadienne de Zoologie，2002，80(3)：569-581.
［16］Thompson J D，Gibson T J，Plewniak F，et al. The CLUSTAL_X Windows interface：flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools［J］. Nucleic Acids Research，1997，25(24)：4876-4882.
［17］Rozas J，Sánchez-Delbarrio J C，Messeguer X，et al. DnaSP，DNA polymorphism analyses by the coalescent and other methods［J］. Bioinformatics，2003，19(18)：2496-2497.
［18］Tamura K，Dudley J，Nei M，et al. MEGA4：molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0［J］. Molecular Biology and Evolution，2007，24(8)：1596-1599.
［19］Schneider S，Roessli D，Excoffier L. Arlequin：a software for population genetics data analysis.V3.01.Genetics and Biometry Lab，Department of Anthropology［Z］. 2003.
［20］肖武汉，张亚平. 鱼类线粒体DNA的遗传与进化［J］. 水生生物学报，2000，24(4)：384-391.
［21］袁娟，张其中，李飞，等. 铜鱼线粒体控制区的序列变异和遗传多样性［J］. 水生生物学报，2010，34(1)：9-19.
［22］郭新红，刘少军，刘巧. 鱼类线粒体DNA研究新进展［J］. 遗传学报，2004，31(9)：983-1000.
［23］陈会娟，刘明典，汪登强，等. 长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析［J］. 淡水渔业，2018，48(1)：20-25，68.
［24］李大命，张彤晴，关浩勇，等. 基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析［J］. 淡水渔业，2017，47(6)：3-8.
［25］户国，程磊，马波，等. 中国达氏鳇野生群体和两个养殖群体的线粒体遗传多样性分析［J］. 中国水产科学，2018，25(4)：803-810.
［26］Brown W. Molecular evolutionary genetics［M］. New York：Plenum Press，1985：95-130.
［27］杨培民，胡宗云，金广海，等. 用线粒体D-loop和Cytb基因序列分析拉氏?3个群体的遗传结构和遗传分化［J］. 水产学杂志，2017，30(4)：7-12，27.
［28］Féral J P. How useful are the genetic markers in attempts to understand and manage Marine biodiversity［J］. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology，2002，268(2)：121-145.
［29］Grant W S，Bowen B W. Shallow population histories in deep evolutionary lineages of Marine fishes：Insights from sardines and anchovies and lessons for conservation［J］. Journal of Heredity，1998，89(5)：415-426.
［30］Kirk H，Freeland J R. Applications and implications of neutral versus non-neutral markers in molecular ecology［J］. International Journal of Molecular Sciences，2011，12(6)：3966-3988.
［31］Balloux F，Lugon-Moulin N. The estimation of population differentiation with microsatellite markers［J］. Molecular Ecology，2002，11(2)：155-165.

相似文献/References:

[1]贾晓旭,陆俊贤,唐修君,等.德化黑鸡线粒体DNA控制区全序列测定及起源研究[J].江苏农业科学,2015,43(10):31.
　Jia Xiaoxu,et al.Study on sequencing of mitochondrial DNA D-loop and its phylogenetic evolution in Dehua black chicken[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2015,43(05):31.
[2]张燕萍,贺刚,王生,等.基于线粒体DNA D-loop序列分析刀鲚与短颌鲚的遗传多样性[J].江苏农业科学,2017,45(20):59.
　Zhang Yanping,et al.Analysis of genetic diversity of Coilia nasus and Coilia brachygnathus based on mitochondrial DNA D-loop sequence[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2017,45(05):59.
[3]李大命,张彤晴,唐晟凯,等.基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析[J].江苏农业科学,2018,46(20):36.
　Li Daming,et al.Study on genetic diversity of Coilia nasus population in Lake Hongze based on mtDNA Cytb gene and D-loop sequences[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(05):36.
[4]唐首杰,毕详,张飞明,等.基于线粒体DNA控制区序列的团头鲂3个选育群体遗传变异分析[J].江苏农业科学,2019,47(20):191.
　Tang Shoujie,et al.Genetic variation of three selective breeding populations of blunt snout bream (Megalobrama amblycephala) based on mitochondrial DNA control region sequences[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(05):191.

备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2019-02-14
基金项目：江苏省高校自然科学基金面上项目(编号：15KJB240001)；淮阴师范学院博士科研启动项目(编号：31ZCK00)。
作者简介：朱传坤(1984—)，男，山东临沂人，博士，副教授，主要从事鱼类基因组学与分子标记辅助育种研究。E-mail：zhuchuankun@hytc.edu.cn。

常用功能

更新日期/Last Update: 2020-03-05