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[1]李青,何斌,陈群利,等.鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析[J].江苏农业科学,2022,50(3):28-35,48.
　Li Qing,et al.Comparative transcriptome analysis of blood，liver and ovary in Carassius auratus[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(3):28-35,48.
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鲫鱼血液、肝脏、卵巢组织转录组比较分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第50卷
期数:
2022年第3期
页码:
28-35,48
栏目:
“转录组”专题
出版日期:
2022-02-05

文章信息/Info

Title:
Comparative transcriptome analysis of blood，liver and ovary in Carassius auratus
作者:
李青;  何斌;  陈群利;  游萍
贵州工程应用技术学院生态工程学院，贵州毕节 551700
Author(s):
Li Qing; et al
关键词:
鲫鱼; 转录组学; 肝脏; 血液; 卵巢; unigene; SNP分析; SSR分析; 高通量测序
Keywords:
-
分类号:
S965.117
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为进一步丰富鲫鱼基因组数据，对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序。采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序，对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析。结果提示，组装得到 127 801 条unigene，平均长度为735 bp。与相应数据库比对，最终获得117 414(91.87%)个有注释信息的unigene，有105条unigene获得GO注释，并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中；有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型；获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路。在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点，共检测到48 808个SSR位点。提示获得有注释信息的unigene共117 414条，此外，获得一些SNP和SSR位点。结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2021-06-18
基金项目：贵州省科技计划(编号：黔科合基础［2018］1054、黔科合LH字［2017］7018号、毕科人才合字［2021］11号)；贵州省教育厅创新群体重大研究项目(编号：黔教合KY字［2017］050)。
作者简介：李青(1989—)，女，山西临汾人，博士，副教授，主要从事水生动物生殖发育方面的研究。E-mail：liqingdream@163.com。
通信作者：何斌，博士，教授，主要从事生态学方面的研究。E-mail：hebin123kewen@163.com。
更新日期/Last Update: 2022-02-05