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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第50卷

期数:

2022年第18期

页码:

82-87

栏目:

基因组学与功能基因

出版日期:

2022-09-20

文章信息/Info

Title:

Genome-wide identification and expression analysis of GH3 gene family of Luffa cylindrica

作者:

曾美娟¹; 刘建汀¹; 李祖亮²; 陈敏氡¹; 叶新如¹; 王彬¹; 朱海生¹; 温庆放¹

1.福建省蔬菜遗传育种重点实验室/福建省农业科学院作物研究所/福建省蔬菜工程技术研究中心，福建福州 350013；2.福建省农业科学院农业生物资源研究所，福建福州 350003

Author(s):

Zeng Meijuan; et al

关键词:

普通丝瓜; GH3家族; 生物信息学分析; 表达分析

Keywords:

-

分类号:

S642.403

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

以普通丝瓜［Luffa cylindrica (L.) Roem.］为试验材料，基于其全基因组，对生长素酰胺合成酶基因(gretchen hagen 3，GH3)家族成员进行鉴定和生物信息学分析，并分析其在普通丝瓜长果品种、短果品种中的表达情况。结果表明，普通丝瓜全基因组中共存在14个GH3基因家族成员，暂命名为LcGH3.1~LcGH3.14，蛋白序列长度为515~843aa，相对分子量在58.366~96.406 ku之间，LcGH3.8、LcGH3.14为碱性蛋白，其他LcGH3蛋白均为酸性蛋白。LcGH3.1为稳定蛋白，其他LcGH3均为不稳定蛋白。14个LcGH3蛋白均是亲水蛋白，其中LcGH3蛋白主要含有10个基序(Motif)，14个LcGH3蛋白均含有Motif 1、Motif 4、Motif5、Motif6、Motif7和Motif 9保守基序。系统进化树分析结果表明，14个LcGH3蛋白聚类在Group Ⅱ、Group Ⅲ 2类。在普通丝瓜长果品种、短果品种商品果中，共有6个GH3基因家族成员存在差异表达，其中LcGH3.1、LcGH3.2、LcGH3.5在短果品种中的相对表达量高于长果品种，LcGH3.8、LcGH3.12、LcGH3.13在短果品种中的相对表达量低于长果品种。推测LcGH3基因家族与普通丝瓜果实发育相关，且与果长密切相关。

Abstract:

-

参考文献/References:

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相似文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2021-10-21
基金项目：福建省科技计划-省属公益类科研院所基本科研专项(编号：2020R1031002)；福建省农业科学院科技创新平台专项(编号：CXPT202001)；福建省农科院蔬菜遗传育种科技创新团队(编号：CXTD2021038)。
作者简介：曾美娟(1986—)，女，福建漳州人，博士，助理研究员，主要从事蔬菜生物技术与育种方面的研究。E-mail：860905zzmr@163.com。
通信作者：朱海生，博士，研究员，主要从事蔬菜育种研究，E-mail：zhs0246@163.com；温庆放，研究员，主要从事蔬菜育种研究，E-mail：lfjvrc@163.com。

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更新日期/Last Update: 2022-09-20