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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第51卷

期数:

2023年第22期

页码:

24-33

栏目:

生物技术

出版日期:

2023-12-04

文章信息/Info

Title:

Transcriptome analysis of rice with OsOFP6 gene overexpression and RNA interference

作者:

黄梅艳; 颉永红; 赵红; 刘炳环; 樊铸硼; 滕开冲; 李建雄

广西大学农学院，广西南宁 530000

Author(s):

Huang Meiyan; et al

关键词:

水稻; OsOFP6基因; 核糖体; 代谢; RNA-seq; 差异表达基因

Keywords:

-

分类号:

S511.01

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

为探究卵形家族蛋白6(OFP6)基因过表达(OE)与RNA干扰(RNAi)对水稻基因转录表达的影响，并解析OsOFP6基因调控水稻生长发育与抗逆通路，对OsOFP6基因的OsOFP6-OE、OsOFP6-RNAi株系进行转录组测序技术(RNA-seq)测序。测序共获得446 277 340份原始数据，每个样品比对率均在90.84%以上，OsOFP6-OE与OsOFP6-RNAi共检测到22 116个基因，以Fold Change≥2且FDR<0.05作为筛选标准，ZH11 vs OsOFP6-OE中获得229个差异表达基因(DEGs)，其中包含上调基因161个、下调基因68个；ZH11 vs OsOFP6-RNAi中获得1 466个差异表达基因，其中包含上调基因464个、下调基因1 002个。OsOFP6-OE的KEGG通路富集分析结果显示，差异基因在氨基酸糖和核苷酸糖代谢相关通路中较多。OsOFP6-RNAi的KEGG通路富集分析结果显示，差异基因显著富集于核糖体相关通路。过表达OsOFP6后，显示有8个DEGs富集到核氨基酸糖和核苷酸糖代谢通路中，可能参与核苷酸与蛋白质的水解。OsOFP6-RNAi后，其中有28个DEGs被富集到核糖体中，可能参与mRNA的翻译、翻译共折叠、添加不依赖翻译的氨基酸。利用RNA-Seq技术分析了OsOFP6基因过表达与RNA干扰对中花11的影响，发现其通过调控多个OsOFP6下游基因表达，来影响其代谢相关信号通路，为后续分析OsOFP6基因的功能以及解析OFP家族基因的表达调控提供了材料。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2022-12-20
基金项目：国家自然科学基金(编号：31970523)。
作者简介：黄梅艳(1998—)，女，湖北恩施人，硕士，主要从事植物分子生物学研究。E-mail：2017301016@st.gxu.edu.cn。
通信作者：李建雄，博士，教授，主要从事植物分子生物学研究。E-mail：jxli920@gxu.edu.cn。

常用功能

更新日期/Last Update: 2023-11-20