[1]熊良伟,王帅兵,封琦,等.基于高通量测序的中华鳑鲏基因组微卫星特征分析及标记开发[J].江苏农业科学,2018,46(18):164-168.
　Xiong Liangwei,et al.Characteristic analysis of genomic microsatellites and development of SSR markers of Chinese bitterling (Rhodeus sinensis) using high-throughput sequencing[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2018,46(18):164-168.
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基于高通量测序的中华鳑鲏基因组微卫星
特征分析及标记开发()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第46卷
期数:
2018年第18期
页码:
164-168
栏目:
畜牧兽医与水产蚕桑
出版日期:
2018-09-20

文章信息/Info

Title:
Characteristic analysis of genomic microsatellites and development of SSR markers of Chinese bitterling (Rhodeus sinensis) using high-throughput sequencing
作者:
熊良伟;  王帅兵;  封琦;  王建国;  岳丽佳;  张娟;  吴云菲;  王权
江苏农牧科技职业学院，江苏泰州 225300
Author(s):
Xiong Liangwei; et al
关键词:
中华鳑鲏; 基因组; 微卫星标记; 特征分析; 高通量测序
Keywords:
-
分类号:
S917
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
利用Illumina Miseq测序技术，对中华鳑鲏基因组文库进行测序，查找基因组微卫星(SSR)位点并分析其组成，共检测到249 167个SSR位点，1~6核苷酸重复SSR均存在，其中二核苷酸重复SSR数量最多(53.59%)，其次为单核苷酸重复SSR(34.19%)，其他数量由多到少依次为三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复。随机选择50个SSR位点利用8份中华鳑鲏DNA样品进行验证，有41个位点能检测到扩增产物，其中28个位点扩增产物带型清晰且具多态性，利用上述多态性SSR标准检测泰州地区中华鳑鲏多态性。结果表明，有21个SSR标记扩增产物稳定，每个位点观测到等位基因3~13个，观测杂合度、期望杂合度分别为0.306 7~0.914 5、0.384 5~0.952 1，多态性信息含量为0.317 3~0.910 5，各位点间不存在连锁不平衡现象。说明利用Illumina Miseq测序技术开发中华鳑鲏SSR标记效率高，开发的标记适用中华鳑鲏资源评估。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2017-03-16
基金项目：江苏农牧科技职业学院科研项目(编号：NSF201510-1)；江苏省水产三新工程项目(编号：Y2015-25)；江苏省高校“青蓝工程”(编号：苏教师［2017］15号)。
作者简介：熊良伟(1978—)，男，湖北武汉人，博士，副教授，主要从事水产动物遗传育种研究。E-mail：xlwei2002@163.com。
通信作者：王权，教授，主要从事水产养殖技术教学和研究。E-mail：yyqwq@sohu.com。
更新日期/Last Update: 2018-09-20