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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第50卷

期数:

2022年第7期

页码:

43-51

栏目:

生物技术

出版日期:

2022-04-05

文章信息/Info

Title:

Study on applicability of two common CRISPR-Cas systems in apple

作者:

岳鹏¹;  高海琴¹;  李哲²;  米志波³;  郑博¹;  赵彦敏¹

1.张家口开放大学，河北张家口 075000； 2.张家口市第六中学，河北张家口 075000；3.河北省张家口市涉密载体管理中心，河北张家口 075000

Author(s):

Yue Peng; et al

关键词:

苹果; CRISPR-Cas; 适用性特征; PAM出现频率; 基因编辑

Keywords:

-

分类号:

S661.101

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

运用生物信息学方法初步分析CRISPR-Cas9和Cpf1在苹果中的整体适用性特征，以期为苹果基因组编辑和CRISPR-Cas在苹果研究中的推广使用提供一定的参考和便利。结果表明，苹果染色体中有数量可观的PAM，平均间隔7 bp碱基有1个5′-NGG、间隔3 bp有1个5′-TTN；也就是说5′-TTN比5′-NGG的出现频率高。SpCas9、FnCpf1分别有29.0%、26.9%的作用位点几乎覆盖了所有染色体基因，个别不能被SpCas9识别的基因能被FnCpf1识别，反之亦然。苹果的CRISPR靶序列有大量重复，单一靶序列被视为能被Cas蛋白特异识别并有效编辑。在靶序列长度为20 nt时，99.5%的染色体基因可至少被其中1种Cas蛋白编辑，分别具有不同的可编辑度搭配；其中的237个基因只能被1种Cas蛋白编辑，填补了另一种Cas蛋白留下的编辑空白，另有220个染色体基因(0.5%)不能被任一种Cas蛋白编辑，即2种Cas蛋白同时留下编辑空白，没有互补。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2021-06-04
基金项目：中国成人教育协会“十四五”成人继续教育科研规划重点课题(编号：2021-323ZB)；河北省张家口市科技项目(编号：18110300043)；河北省张家口市社会科学立项研究课题(编号：2021121)。
作者简介：岳鹏(1984—)，男，河北张家口人，硕士，讲师，从事农林生命科学类和开放教育研究。E-mail：yppolymerase@foxmail.com。
通信作者：赵彦敏，博士，副教授，从事农林生命科学类和开放教育研究。E-mail：zym319@163.com。

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更新日期/Last Update: 2022-04-05