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[1]周军永,陆丽娟,刘茂,等.基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析[J].江苏农业科学,2019,47(04):51-54.
　Zhou Junyong,et al.Analysis of SSR and SNP characteristics based on transcriptome sequencing of Lifugongzao jujube[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2019,47(04):51-54.
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基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第47卷
期数:
2019年第04期
页码:
51-54
栏目:
生物技术
出版日期:
2019-03-15

文章信息/Info

Title:
Analysis of SSR and SNP characteristics based on transcriptome sequencing of Lifugongzao jujube
作者:
周军永;  陆丽娟;  刘茂;  朱淑芳;  仇鹏辉;  孙其宝
安徽省农业科学院园艺研究所，安徽合肥 230031
Author(s):
Zhou Junyong; et al
关键词:
枣; 转录组; SSR; SNP; 特征分析
Keywords:
-
分类号:
S665.101
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为了简单重复序列(simple sequence repeats，SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism，SNP)开发等研究，以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础，分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布。结果表明：转录组数据共获得了226 488条contig序列，其中有42 570条unigene在数据库中得到注释。利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool，MISA)进行SSR位点的搜索，共得到18 016个SSR位点，SSR位点的出现频率为0.43个/kb。SSR位点共包含164种重复基元，其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6 942个，38.44%)，其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6 113个，33.85%)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4 242个，23.49%)，四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同。在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163 360个，发生频率为1/254 bp，6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高，分别为总数的30.80%和30.49%；其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T，分别占到总数的9.83%、978%、9.78%和9.32%。其中Transition类型显著高于Transversion类型，在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致，但以A/G发生频率略高。
Abstract:
-

参考文献/References:

［1］孙俊，孙雯雯，周军永，等. 安徽及周边地区枣种质资源遗传多样性研究［J］. 园艺学报，2015，42(8)：1569-1575.
［2］原勤勤，文亚峰，刘儒，等. 枣优良品种亲缘关系的ISSR分析［J］. 经济林研究，2012，30(1)：56-61.
［3］王永康，田建保，王永勤，等. 枣树品种品系的AFLP分析［J］. 果树学报，2007，24(2)：146-150.
［4］Mrazek J，Guo X，Shah A. Simple sequence repeats inprokaryotic genomes［J］. PNAS，2007，10(4)：8472-8477.
［5］王东，曹玲亚，高建平. 党参转录组中SSR位点信息分析［J］. 中草药，2014，46(8)：2390-2394.
［6］Kashi Y，King D G.Simple sequence repeat as advantageous mutators in evolution［J］. Trents in Gentic，2006，22(5)：253-259.
［7］Lawson M J，Zhang L.Patterns of SSR distribution in the Arabidopsis thaliana and rice genomes［J］. Genome Biology，2006，7(2)：R14.
［8］Liu T，Zhu S，Fu L，et al. Development and characterization of 1827 expressed sequence tag-derived simple sequence repeat markers for ramie(Boehmeria nivea L. Gaud)［J］. PLoS One，2013，8(4)：e60346.
［9］Eujayl I，Sorrells M，Banm M，et al.Isolation of EST-derived microsatellite markers for genotyping the A and B genomes of wheat［J］. Theoretical and Applied Genetics，2002，104(2)：399-407.
［10］麻丽颖，孔德仓，刘华波，等. 36份枣品种SSR指纹图谱的构［J］. 园艺学报，2012，39(4)：647-654.
［11］刘秀云，李慧，刘志国，等. 基于SSR标记的255个枣品种亲缘关系和群体遗传结构分析［J］. 中国农业科学，2016，49(14)：2772-2791.
［12］姚丹青，楼坚锋，顾芹芹. SNP在农作物遗传分析中的应用［J］. 上海农业科技，2015，6：26-27.
［13］杜改改，孙鹏，索玉静，等. 基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析［J］. 中国农业大学学报，2017，22(10)：45-55.
［14］马秋月，戴晓港，陈赢男，等. 枣基因组的微卫星特征［J］. 林业科学，2013，49(12)：81-87.
［15］魏琦琦，林青，贾宝光，等. 枣转录组序列的微卫星特征分析［J］. 中南林业科技大学学报，2015，35(6)：93-97.
［16］Wang L，Zhao S，Gu C.Deep RNA-Seq uncovers the peach transcriptome landscape［J］. Plant Molecular Biology，2013，83(4/5)：365-377.
［17］赵雅楠，王颖，张东杰，等. 小豆SSR-PCR反应体系优化及引物筛选［J］. 江苏农业科学，2017，45(11)：33-37.
［18］雷雨，张雪芳，罗鑫磊，等. 不同成熟期桃品种NAC基因遗传多样性研究［Ｊ］. 江苏农业科学，２０１７，４５（２２）：４６-４９.
［19］李贝贝，刘崇怀，姜建福，等. 葡萄品种分子鉴定研究进展及展望［J］. 江苏农业科学，2017，45（15）：15-20.

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2017-12-03
基金项目：安徽省农业科学院院长青年创新基金(编号：16B0306)；科技部科技基础性工作专项(编号：2012FY110100)；安徽省一般性转移支付科技项目“黄营灵枣新品种选育及配套技术研究与应用”“玉铃铛枣节本优质绿色生产技术研究与应用”。
作者简介：周军永(1983—)，男，山东淄博人，硕士，助理研究员，主要从事果树育种与栽培等研究。E-mail：coplmn@163.com。
通信作者：孙其宝，硕士，研究员，主要从事果树育种与栽培等研究。
更新日期/Last Update: 2019-02-20