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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:

第47卷

期数:

2019年第07期

页码:

41-44

栏目:

生物技术

出版日期:

2019-05-10

文章信息/Info

Title:

Analysis of SSR loci and gene function annotation in transcriptome of Sophora flavescens

作者:

张宁¹;  尹美强¹;  谭青青²;  温银元¹;  王玉国¹;  王金荣¹

1.山西农业大学农学院，山西太谷 030801； 2.西北大学生命科学学院，陕西西安 710069

Author(s):

Zhang Ning; et al

关键词:

苦参; 转录组; SSR; 位点信息; 基因功能; 分子标记

Keywords:

-

分类号:

R285

DOI:

-

文献标志码:

A

摘要:

分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息，为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估，再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤，利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装，之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估，并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame，简称ORF)；利用MicroSAtellite(MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息；使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点，分布于7 339条unigene中，总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%，SSR位点平均间隔是5.28 bp，其中占比最高的是单核苷重复基序，为50.53%；其次是出现频率分别为22.28%、24.73% 的二、三核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多，出现频率高，在后续的苦参遗传性状分析，及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。

Abstract:

-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:

收稿日期：2017-12-16
基金项目：山西省重点研发计划(编号：201603D221003-2)。
作者简介：张宁(1991—)，男，陕西洛南人，硕士研究生，从事植物生理与分子生物学、生物信息研究。E-mail：zhangytyning@163.com。
通信作者：温银元，博士，副教授，硕士生导师，主要从事植物生理与分子生物学、道地药用植物次生代谢调控研究。E-mail：wenyinyuan@126.com。

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更新日期/Last Update: 2019-04-05