香蕉EST-SNP标记的开发-《江苏农业科学》

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Title:: Development of banana EST-SNP markers

作者:: 赵涛¹; 2; 王静毅¹; 刘菊华¹; 徐碧玉¹; 金志强¹; 3; 1.中国热带农业科学院热带作物生物技术研究所/农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室，海南海口 571101；
2.南京农业大学园艺学院，江苏南京 210095； 3.中国热带农业科学院海口实验站/海南省香蕉遗传改良重点实验室，海南海口 570102

Author(s):: Zhao Tao; et al

关键词:: 香蕉; EST序列; SNP位点; 重叠群; 转换; 颠换; 序列比对分析; 遗传多样性

Keywords:: -

分类号:: S668.101

DOI:: -

文献标志码:: A

摘要:: 为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础，从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)的dbEST数据库下载46 665条香蕉EST序列，经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点，并对其所在核酸序列进行功能注释分析。通过对46 665条EST进行拼接，共得到3 490条重叠群(contigs)，在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点，从中筛选出127个候选SNP位点，其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78%、36.22%。通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因，证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大，能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析。

Abstract:: -

参考文献/References:

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