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[1]梁燕妮,黄银霞,魏诗琴,等.紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析[J].江苏农业科学,2022,50(3):42-48.
　Liang Yanni,et al.Sequence analysis of SSR loci in transcriptome of purple bud Liupao tea[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(3):42-48.
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紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析(PDF)
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《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第50卷
期数:
2022年第3期
页码:
42-48
栏目:
“转录组”专题
出版日期:
2022-02-05

文章信息/Info

Title:
Sequence analysis of SSR loci in transcriptome of purple bud Liupao tea
作者:
梁燕妮;  黄银霞;  魏诗琴;  陈秋雨
梧州学院，广西梧州 543002
Author(s):
Liang Yanni; et al
关键词:
茶树; 六堡茶; 转录组; SSR位点; 序列分析
Keywords:
-
分类号:
S571.101
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
以广西梧州紫芽六堡茶为研究对象，运用MISA软件对转录组测序获得的165 570 条unigene序列(总长度为240 177 233 bp)，进行SSR位点搜索。使用Excel软件对SSR位点的出现频率、基元类型、基元组成、平均距离等进行处理分析。结果表明，共在10 058 条unigene中找到符合条件的SSR位点11 482个，出现频率为6.93%，平均距离为20.92 kb，平均长度为20.80 bp。紫芽六堡茶转录组SSR中，双碱基重复是主要的重复类型，占总SSR的1903%，GA/TC、GAA/TTC、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT分别是双碱基、三碱基、四碱基、五碱基的优势重复单元。序列长度大于20 bp的SSR位点数占总SSR的44.05%，其中长度为24 bp的SSR位点数最多，占SSR总数的16.01%。说明紫芽六堡茶转录组SSR种类丰富、可用性高、多态性高。通过对SSR位点的分布特征和序列特征进行分析，可为后续六堡茶的进化、品种鉴定、分子育种等研究提供依据。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2021-10-17
基金项目：广西自然科学基金青年科学基金(编号：2020GXNSFBA159007)；梧州高新区梧州学院产学研项目(编号：2020G012)；广西大学生创新创业项目(编号：202111354113)。
作者简介：梁燕妮(1980—)，女，广西梧州人，硕士，高级实验师，主要从事分子生物学研究。E-mail：371200021@qq.com。
更新日期/Last Update: 2022-02-05