[1]张芹,王延晖,王冰柯,等.团头鲂基因组微卫星特征及SSR位点开发[J].江苏农业科学,2022,50(3):79-85.
　Zhang Qin,et al.Characterization of genomic microsatellites and development of SSR markers of Megalobrama amblycephala[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2022,50(3):79-85.
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团头鲂基因组微卫星特征及SSR位点开发()

《江苏农业科学》[ISSN:1002-1302/CN:32-1214/S]

卷:
第50卷
期数:
2022年第3期
页码:
79-85
栏目:
生物技术
出版日期:
2022-02-05

文章信息/Info

Title:
Characterization of genomic microsatellites and development of SSR markers of Megalobrama amblycephala
作者:
张芹;  王延晖;  王冰柯;  屈长义
河南省水产科学研究院，河南郑州 450044
Author(s):
Zhang Qin; et al
关键词:
团头鲂; 基因组; SSR; 多态性; 种质资源; 遗传多样性; 分子育种
Keywords:
-
分类号:
S917
DOI:
-
文献标志码:
A
摘要:
为充分挖掘和利用团头鲂种质资源，有效开展品种间遗传多样性分析及分子育种工作，利用生物信息学方法分析团头鲂基因组数据，共检测序列 18 243 条，其中，含有 SSR位点的序列为 3 940 条，占总检测序列条数的2160%，检测出 SSR位点共 350 898 个，平均约3.1 kb 出现1个 SSR位点。其中，二核苷酸重复的位点最多，占总SSR位点的67.43%；三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复分别占14.68%、14.83%、2.89%和0.16%。350 898 个 SSR 位点中共有257种重复基序，二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序类型占比最高的分别为AT/AT(29.46%)、AAT/ATT(8.56%)、AGAT/ATCT(4.57%)、AATAT/ATATT(0.97%)和AACCCT/AGGGTT(0.06%)。设计合成288对SSR荧光引物，有149对引物能够稳定扩增出与预期产物一致的条带，93对引物表现出多态性。综上所述，该研究发掘团头鲂基因组 SSR 位点，设计和合成 SSR 引物，验证其多态性，为团头鲂分子指纹图谱构建、种质资源的创新利用奠定了基础。
Abstract:
-

参考文献/References:

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备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期：2021-06-02
基金项目：现代农业产业技术体系建设专项(编号：CARS-45-45)；河南省基本科研业务费项目(编号：JBKY2021)；国家淡水水产种质资源库项目(编号：FGRC18537)；河南省农业产业技术体系项目(编号：S2014-10)。
作者简介：张芹(1980—)，女，河南辉人，硕士，高级水产师，主要从事鱼类遗传育种研究。E-mail：zhangqin.2007@163.com。
更新日期/Last Update: 2022-02-05